Zur Kirchgemeinde Bischofszell-Hauptwil gehören neben Bischofszell und Hauptwil auch die beiden St. Galler Gemeinden Niederbüren und Waldkirch. Die Gottesdienste und das Gemeindeleben finden in den beiden Kirchen in Bischofszell und Hauptwil und im Kirchenzentrum in Bischofszell statt. Die Kirchgemeinde Bischofszell-Hauptwil zählt 2'881 Einwohnerinnen und Einwohner (2022).
Für die Kirchenvorsteherschaft steht ein Leitsatz im Zentrum: «Gottes Liebe motiviert uns, füreinander und für andere da zu sein.»